醫(yī)院系統(tǒng)的潔凈室最先用于手術室，也就是我們現(xiàn)在所說的醫(yī)院手術室凈化工程。開始它只是在矯形手術中獲得廣泛應用,因為矯形手術時間較長,易于引起感染?？刂扑捷^理想的是使用手術臺附近的空氣潔凈度達到100級。一般建議使用頂部高效空氣過濾系統(tǒng),它能覆蓋至少3m×3m的面積,從而將手術臺和人包括在內。

醫(yī)療潔凈室獲得應用的其它領域有分娩室、保育室、燒傷室、心臟病人護理單元等。最新進展之一是牙外科手術潔凈室的應用,它降低了在長期手術過程中醫(yī)務人員被感染的危險

 潔凈室作為醫(yī)院重要的功能分區(qū)之一，其工程質量直接影響到醫(yī)院的使用和對患者的治療。要提高醫(yī)院潔凈室的工程質量，必須從設計、施工和維護三方面同時重視。

醫(yī)院應用潔凈環(huán)境最廣泛的潔凈手術室，是用空氣潔凈技術取代傳統(tǒng)的紫外線等手段對全過程實行污染控制的現(xiàn)代手術室。在潔凈手術室內，患者感染率可降低 10 倍以上，從而可以少用或不用會傷害患者免疫系統(tǒng)的抗生素。既要無塵又要無菌是潔凈手術室的特點。 

醫(yī)院潔凈室包括手術室、產(chǎn)科、嬰幼兒病房(NICU)、ICU(重癥監(jiān)護室)、燒傷病房及解剖室、凈化實驗室、人工透析室、標本室等，其工程質量與醫(yī)療質量有著直接而重要的關系。